Некогда Наруто выяснил что внутри него находится коварный и могущественный демон по имени Девятихвостый лис. Благодаря упорным тренировкам, дисциплине и выдержке, удалось подчинить ситу существа и обратить во благо. На протяжении последних двух с половиной лет главный герой неустанно движется к заветной цели, стать самым крутым ниндзя в стране. Завершив очередной курс изнурительных упражнений, он возвращается в родное село Конохагакурэ но сато, где встречает бывших товарищей из "Команды Семь". Сакура Харуно стала помощницей местной целительницы, а вот Саскэ Утиха ушел, поскольку захотел обучаться у Оротимару. Впрочем, к новому мастеру юноша особой привязанности не чувствует и хочет прикончить при первой возможности. Вакантное место в "Команде Семь" занял перспективный новичок, которого зовут Сай. Вскоре Наруто оказывается в центре внимания организации под названием "Акацуки". Последняя хочет пленить всех "хвостатых" демонов для собственных целей. Естественно, про сидячее внутри главного героя существо они тоже узнают. Поскольку изъятие может вполне стоит жизни носителю, приходится сопротивляться нападкам неприятеля. Лидер "Акацуки" Тоби сообщает Саскэ, что нанял Итати для уничтожения клана.